Las secuelas tanto del Levely como del Raid en Onigashima, así como la eliminación del Reino de Lulusia, provocan cambios importantes en todo el mundo que podrían conducir a una guerra global. Los Piratas del Sombrero de Paja, siguiendo su Log Pose, llegan a la misteriosa y futurista isla Egghead, donde reside el supergenio Dr. Vegapunk. Sin embargo, después de recibir un aviso sobre la investigación de Vegapunk en el Siglo del Vacío, el Gobierno Mundial decide enviar un equipo CP0 para asesinar a Vegapunk. La traición y la intriga de todos los bandos conducen a un asedio de los Marines en la isla que se intensificará hasta convertirse en un incidente que conmocionará al mundo.