La historia continúa exactamente donde nos quedamos en el final de la primera temporada; Subaru y Emilia deciden reunirse con Roswaal en un sitio llamado El Santuario para informarle a él y a todos los aldeanos del pueblo de Arlam que el peligro ha pasado y Betelgeuse ha sido derrotado.
Al llegar al lugar donde se refugiaron, se descubren que existe una barrera que le impide a todos aquellos con sangre mestiza abandonar el santuario a menos que alguien logre romper la barrera al superar una serie de pruebas ideadas por Echidna, la bruja de la codicia. Emilia, al ser medio-elfo es una de las afectadas por la barrera y la única solución es someterse a las pruebas de Echida.
Esta temporada es muy distinta a la anterior en muchos sentidos: mientras que en la primera tuvimos la oportunidad de conocer muchos sitios de Lugunica –país ficticio en el que se desarrolla la historia–, aquí la mayor parte de la acción ocurre en El Santuario, una pequeña aldea en medio del bosque. Debido a esto la trama es más pausada.